Từ năm 2015, việc chuyển mặt hàng phân bón từ diện áp dụng thuế suất Giá trị gia tăng (GTGT) 5% sang đối tượng không chịu thuế GTGT dẫn đến toàn bộ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất và kinh doanh phân bón không được khấu trừ và doanh nghiệp phải hạch toán vào chi phí sản xuất kinh doanh làm cho giá thành sản phẩm tăng từ 5% - 8%, dẫn đến suy giảm khả năng cạnh tranh trên thị trường nội địa.

Trong khi đó, phân bón nhập khẩu từ các nước như Trung Quốc, Indonesia, Malaysia, Philipines, Nga và Trung Đông thì phần lớn có thuế nhập khẩu bằng 0% và đặc biệt hầu hết các nước này có chi phí nguyên liệu sản xuất phân bón rất thấp. Doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước đang bị thiệt thòi đủ đường.

Việc từ chỗ thuộc diện áp dụng thuế GTGT thuế suất 5% chuyển sang đối tượng không chịu thuế GTGT nghe qua tưởng như sẽ có lợi cho doanh nghiệp (DN) và nông dân, nhưng thực ra không phải như vậy. Trước đây sản xuất phân bón chịu thuế đầu vào chủ yếu là 10%, thuế đầu ra 5%, tuy nhiên thuế đầu vào được khấu trừ và thậm chí hoàn thuế nếu mức thuế này cao hơn thuế đầu ra. Giờ đây khi áp dụng quy định mới thì DN không được khấu trừ thuế đầu vào, mà phải hạch toán vào chi phí.

Điều này làm cho giá thành sản phẩm phân bón tăng từ 5 - 8%, dẫn đến giá phân bón đến tay nông dân cũng bị tăng theo. Và kéo theo đó là chi phí đầu tư cho sản xuất nông nghiệp của nông dân cũng tăng lên đáng kể, do phân bón là vật tư thiết yếu trong sản xuất nông nghiệp, chiếm khoảng 40-50% tổng chi phí đầu tư.

Vì thế, sự thay đổi chính sách thuế GTGT theo Luật 71/2014/QH13 đã không thể giúp nông dân hưởng lợi từ giá phân bón như mục tiêu đề ra ban đầu của chính sách thuế này.

Đối với PVFCCo, tùy theo tình hình giá nguyên liệu đầu vào mà tổng số chi phí tăng lên do không được khấu trừ thuế GTGT là 300-370 tỉ đồng/năm. Trong 5 năm (2015-2019) tổng số tiền thuế không được khấu trừ mà phải hạch toán vào chi phí sản xuất kinh doanh của PVFCCo là 1.637 tỉ đồng.

Ngoài ra, chính sách thuế GTGT hiện tại không chỉ làm tăng giá thành sản xuất của doanh nghiệp mà còn tác động tiêu cực đến cả ngành sản xuất phân bón trong nước. Theo đó, Việt Nam sẽ trở thành một nước có công nghệ sản xuất phân bón lạc hậu, nguy cơ là thị trường tiêu thụ các sản phẩm phân bón được sản xuất từ công nghệ lạc hậu của các nước khác khi các sản phẩm này ở nước họ không tiêu thụ được và phải xuất khẩu sang Việt Nam. Các hoạt động đầu tư mới vào công nghệ sản xuất do không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nên làm tăng chi phí đầu tư, kéo theo hiệu quả kinh doanh thấp, dẫn đến sẽ không có doanh nghiệp nào dám đầu tư công nghệ mới, trong khi đó, phân bón nhập khẩu lại cạnh tranh hơn sản phẩm cùng công nghệ sản xuất trong nước.

Ngoài ảnh hưởng đến doanh nghiệp, nông dân thì nguồn thu ngân sách Nhà nước cũng bị ảnh hưởng khi doanh nghiệp FDI có nhà máy sản xuất phân bón đặt tại Việt Nam cũng “lao đao” vì chính sách thuế VAT bất hợp lý này.

Đại diện Công ty Phân bón Baconco từng cho biết, mỗi năm công ty này bị thiệt hại khoảng 1 triệu USD do không được khấu trừ thuế. Đây không chỉ là gánh nặng tài chính cho doanh nghiệp mà còn kéo theo việc đóng góp vào ngân sách Nhà nước Việt Nam của công ty bị giảm sút nghiêm trọng, từ mức 5,3 triệu USD/năm (thời điểm trước khi Luật 71/2014/QH13 có hiệu lực) xuống còn 2,4 triệu USD/năm.

Đặc biệt, Luật 71/2014/QH13 còn đang tạo điều kiện cho phân bón nhập khẩu tràn vào Việt Nam một cách đột biến. Theo thống kê của Tổng cục Hải quan, lượng phân bón nhập khẩu các loại năm 2014 (thời điểm trước khi Luật 71/2014/QH13 được áp dụng) chỉ là 3,7 triệu tấn thì đến năm 2017 con số này đã là hơn 5,6 triệu tấn, tăng gần 2 triệu tấn, riêng đạm urê tăng gần 2,5 lần.

Với việc hưởng lợi từ thuế nhập khẩu của Việt Nam giảm theo cam kết của Hiệp định Thương mại tự do (FTA), doanh nghiệp phân bón nước ngoài càng có điều kiện hạ giá bán phân bón mạnh để cạnh tranh bằng mọi giá với phân bón nội địa. Thực tế là hầu hết các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong khu vực với công nghệ cũ đều được “hậu thuẫn” để có thể “chen chân” vào thị trường Việt Nam, trong khi doanh nghiệp trong nước lại chịu bất công như trên. Ngành sản xuất phân bón trong nước sẽ dần bị phân bón nhập khẩu “thâu tóm” nếu như Luật 71 không sớm được sửa đổi.

Các chuyên gia kinh tế và nông nghiệp đã đưa ra cảnh báo rằng, chính sách thuế có nguy cơ đẩy ngành sản xuất phân bón Việt Nam “đi thụt lùi”, ngược xu thế, từ những doanh nghiệp sản xuất phân bón có công nghệ hiện đại dần dần thành các doanh nghiệp có công nghệ sản xuất phân bón lạc hậu. Về dài hạn nếu không có sự thay đổi thì họ buộc phải thay đổi chiến lược kinh doanh sang lĩnh vực khác. Cuối cùng là sản phẩm nông nghiệp và môi trường sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng, vì lẽ đầu vào là các loại phân bón có chất lượng thấp, chắc chắn nông sản đầu ra và môi trường sẽ bị ảnh hưởng và đây chính là nguy cơ rất lớn cho ngành nông nghiệp và xuất khẩu nông sản.

Trong hoàn cảnh nền nông nghiệp và nông dân cả nước đang lâm vào khó khăn do dịch bệnh COVID-19, biến đổi khí hậu, hạn mặn ....kéo dài và nghiêm trọng như hiện nay, hơn lúc nào hết, việc sửa đổi, đưa phân bón trở thành mặt hàng chịu thuế VAT chính là một trong những biện pháp hỗ trợ thiết thực và quan trọng trong lĩnh vực nông nghiệp – lĩnh vực được coi là trụ đỡ khi nền kinh tế khó khăn.