Tại Nghị định 53 quy định đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường là nước thải công nghiệp thải vào nguồn tiếp nhận nước thải theo quy định pháp luật và nước thải sinh hoạt, trừ trường hợp miễn thu phí theo quy định.

Theo đó, đối tượng chịu phí là nước thải từ các nhà máy, địa điểm, cơ sở sản xuất, chế biến (sau đây gọi chung là cơ sở) của tổ chức, hộ gia đình, cá nhân, bao gồm: Cơ sở sản xuất, chế biến nông sản, lâm sản, thủy sản, thực phẩm, rượu, bia, nước giải khát, thuốc lá; cơ sở chăn nuôi gia súc, gia cầm quy mô trang trại theo quy định pháp luật về chăn nuôi; cơ sở giết mổ gia súc, gia cầm; cơ sở nuôi trồng thủy sản thuộc diện phải lập báo cáo đánh giá tác động môi trường hoặc kế hoạch bảo vệ môi trường theo quy định; nhà máy cấp nước sạch, nhà máy điện; hệ thống xử lý nước thải tập trung tại khu đô thị, khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế, cảng cá, khu công nghệ cao và các khu khác…

Nước thải sinh hoạt là nước thải từ hoạt động của: Hộ gia đình, cá nhân; cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân, tổ chức khác; cơ sở rửa ô tô, rửa xe máy, sửa chữa ô tô, sửa chữa xe máy; cơ sở khám, chữa bệnh; nhà hàng, khách sạn; cơ sở đào tạo, nghiên cứu; cơ sở kinh doanh, dịch vụ khác.

Tổ chức, hộ gia đình, cá nhân thải nước thải quy định trên là người nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải. Trường hợp các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân thải nước thải vào hệ thống xử lý nước thải tập trung và trả tiền dịch vụ xử lý nước thải cho đơn vị quản lý, vận hành hệ thống xử lý nước thải tập trung theo cơ chế giá dịch vụ thì đơn vị quản lý, vận hành hệ thống xử lý nước thải tập trung là người nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải theo quy định.

Nghị định 53 cũng quy định 07 trường hợp được miễn phí BVMT đối với nước thải gồm: Nước xả ra từ các nhà máy thủy điện; Nước biển dùng vào sản xuất muối xả ra; Nước thải sinh hoạt của tổ chức, hộ gia đình, cá nhân ở các xã; tổ chức, hộ gia đình, cá nhân ở các phường, thị trấn chưa có hệ thống cấp nước sạch; hộ gia đình, cá nhân không kinh doanh ở các phường, thị trấn đã có hệ thống cấp nước sạch tự khai thác nước sử dụng; Nước làm mát (theo quy định pháp luật về bảo vệ môi trường) không trực tiếp tiếp xúc với các chất gây ô nhiễm, có đường thoát riêng; Nước thải từ nước mưa tự nhiên chảy tràn; Nước thải từ các phương tiện đánh bắt thủy sản của ngư dân; Nước thải của các hệ thống xử lý nước thải tập trung khu đô thị (theo quy định tại Nghị định số số 80?2014/NĐ-CP ngày 06/8/2014 của Chính phủ về thoát nước và xử lý nước thải) đã xử lý đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về môi trường theo quy định trước khi thải vào nguồn tiếp nhận.

Mức phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt là 10% trên giá bán của 1m3 nước sạch chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng. Trường hợp cần áp dụng mức phí cao hơn, Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định mức phí cụ thể cao hơn đối với từng đối tượng chịu phí.

Về mức phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp, Nghị định quy định: Cơ sở có tổng lượng nước thải trung bình trong năm dưới 20 m3/ngày (24 giờ) áp dụng phí cố định tính theo khối lượng nước thải (không áp dụng mức phí biến đổi) như sau: Năm 2020, áp dụng mức phí 1.500.000 đồng/năm.