Đầu tháng 4/2016, VEC đã có văn bản kiến nghị gửi hai bộ Tài chính và Giao thông vận tải đề xuất được nâng mức phí từ 1.500 đồng/km lên 2.000 đồng/km từ ngày 15/5. Lý do được VEC đưa ra là đã 5 năm qua, mức phí không có sự thay đổi, trong khi chỉ số giá tiêu dùng (CPI) đã tăng khoảng 21% so với thời điểm đưa tuyến đường vào khai thác vận hành năm 2011. Ngoài ra, từ cuối tháng 12/2015, nhằm nâng cao hiệu quả khai thác và hiện đại hóa tuyến đường, VEC đã hoàn thành lớp bê tông nhựa tạo nhám cùng với các hạng mục phụ trợ như: an toàn giao thông, mở rộng trạm thu phí, hệ thống kiểm soát, điều hành giao thông thông minh (ITS) cũng được hoàn thiện đồng bộ với giá trị đầu tư khoảng 590 tỷ đồng, đảm bảo là tuyến cao tốc hiện đại nhất cả nước và kể từ ngày 20/2/2016.

Tuy nhiên, trong văn bản trả lời VEC vừa được gửi đi từ Bộ Tài chính, Vụ Chính sách thuế cho biết quyết định phê duyệt điều chỉnh dự án của Bộ Giao thông Vận tải năm 2011 đã xác định mức thu phí cho tuyến cao tốc này là 1.500 đồng mỗi km, thu trong vòng 28 năm và doanh nghiệp được điều chỉnh tăng 10% mỗi lần trong 5 năm. Bên cạnh đó, căn cứ vào tình hình phát triển kinh tế - xã hội hiện nay thì chưa nên tăng mức phí trên tuyến đường này.

Trước đó, Bộ Giao thông vận tải cũng đã có văn bản trả lời VEC về đề xuất tăng phí trên cao tốc Cầu Giẽ- Ninh Bình với yêu cầu doanh nghiệp từ nay đến ngày 30/6/2016 không được phép tăng phí trên tuyến đường này.

Hiện tại, cao tốc Cầu Giẽ- Ninh Bình đang thu 1.500 đồng/km/1 xe tiêu chuẩn. Với phương thức thu phí kín (thu phí theo số km đi) khi đi toàn tuyến cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình là 50 km, các tài xế sẽ phải trả 100.000 đồng/lượt.