Theo đó, liên danh tư vấn Công ty Cổ phần Tư vấn đầu tư và Xây dựng giao thông vận tải (TRICC - JSC) và Trung tâm Tư vấn đầu tư phát triển giao thông vận tải (CCTDI) đề xuất xây dựng 16 ga trên 4 tuyến xe lửa, gồm: Tuyến Hà Nội - TP. Hồ Chí Minh, tuyến Hà Nội - Đồng Đăng trên hành lang Bắc - Nam, tuyến Hà Nội - Hải Phòng và tuyến Hà Nội - Lào Cai trên hành lang Đông - Tây.

Cụ thể, tuyến Hà Nội - Đồng Đăng gồm 3 ga: Ga Đồng Đăng, ga Yên Trạch và ga Kép. Trong đó, ga Đồng Đăng là ga biên giới, liên vận quốc tế, giao tiếp với đường sắt Trung Quốc; ưu tiên chức năng thông quan, sau đó mới đến chức năng xếp dỡ cho hàng hóa của khu vực. Ga Kép (Bắc Giang) là ga hỗn hợp, liên vận quốc tế trên tuyến; ưu tiên chức năng lập tàu, xếp dỡ và dịch vụ kho bãi.

Ga Yên Trạch (Lạng Sơn) là ga hỗn hợp có kết nối tuyến nhánh Mai Pha - Na Dương, kết nối với cảng cạn Yên Trạch; trung và dài hạn có thể đảm nhận chức năng ga khách chính thay thế cho ga Lạng Sơn.

Tuyến Hà Nội- Hải Phòng có 1 ga: Ga Vật Cách (Hải Phòng) là ga hàng hóa, gồm hai khu ga Vật Cách và cảng Vật Cách.

Tuyến Hà Nội - Lào Cai gồm 4 ga: Ga Hương Canh (Vĩnh Phúc), ga Việt Trì (Phú Thọ), ga Xuân Giao A (Lào Cai) và ga Lào Cai; trong đó, ga Lào Cai là ga biên giới, liên vận quốc tế, có giao tiếp với đường sắt Trung Quốc, có chức năng thông quan, lập tàu.

Tuyến Hà Nội - TP.Hồ Chí Minh có 8 ga: Là ga đầu mối, ga trong đô thị lớn, ga có định hướng quy hoạch kết nối cảng thủy nội địa, cảng biển, thay đổi chức năng. Bao gồm: Ga Ninh Bình là ga hỗn hợp, có kết nối với cụm cảng Ninh Bình - Ninh Phúc và cảng cạn. Ga Khoa Trường (Thanh Hóa) là ga hỗn hợp, có nhánh kết nối với khu kinh tế và cảng Nghi Sơn.

Ga Vinh (Nghệ An) là ga hỗn hợp, ưu tiên chức năng chính là ga hành khách trong đô thị, phục vụ du lịch. Ga Đông Hà (Quảng Trị) là ga hỗn hợp, có kết nối với cảng Mỹ Thủy, xem xét khả năng là ga liên vận quốc tế.

Ga Kim Liên là ga hỗn hợp, ưu tiên chức năng ga hàng, có kết nối với cảng Liên Chiểu, xem xét khả năng là ga liên vận quốc tế. Ga Diêu Trì là ga hỗn hợp khách và hàng hóa; là đầu mối giao thông kết nối các trung tâm logistics cấp vùng và tỉnh; xem xét khả năng là ga liên vận quốc tế.

Ga Nha Trang là ga hành khách, ưu tiên phục vụ khách du lịch. Ga Tháp Chàm là ga hỗn hợp hành khách và hàng hóa; kết nối, trung chuyển hành khách với tuyến đường sắt Tháp Chàm - Đà Lạt và thực hiện chỉnh bị đầu máy và sửa chữa toa xe.

Cũng theo liên danh TRICC-LSC - CCTDI, các ga được quy hoạch gắn với phương án quy hoạch tuyến đường sắt, định hướng kết nối của tuyến với cảng cạn, cảng biển, cảng thủy nội địa, đường sắt đô thị, phù hợp với kịch bản tổ chức tác nghiệp chạy tàu trên tuyến và mạng lưới đường sắt quốc gia.

Ngoài ra, các ga hàng hóa phải bảo đảm có đường bộ kết nối thuận lợi đáp ứng xe tải trọng lớn, có dự trù không gian cho giai đoạn dài hạn. Ga hành khách phải kết nối thuận lợi với giao thông công cộng đô thị, phương tiện cá nhân, dự trữ quỹ đất đủ không gian cho các dịch vụ và tiện tích để thu hút và phục vụ khách hàng, trong đó kết hợp với mô hình TOD (Transit Oriented Development - mô hình phát triển đô thị theo định hướng giao thông công cộng).