Theo thống kê của VEC, sau hơn 4 năm đưa trạm Đại Xuyên vào khai thác đã xảy ra 146 vụ ùn tắc, chủ yếu vào những ngày lễ, thứ bảy, chủ nhật. Đặc biệt, kề từ khi trạm thu phí này được khai thác bởi 2 đơn vị là VEC và Công ty Cổ phần BOT Pháp Vân thì tình hình ùn tắc tại trạm thu phí này nghiêm trọng hơn, diễn ra ở cả hai chiều của trạm phí. Các vụ ùn tắc tại trạm thu phí kéo dài từ 0,3-3km trước trạm thu phí. Lý do gây tình trạng nêu trên theo phía VEC là do trạm thu phí đặt trên chính tuyến đường cao tốc, tại các ngày lễ, lưu lượng phương tiện tăng đột biến tại một thời điểm (có thời điểm lưu lượng lên đến 200-300 xe/giờ/một chiều) di chuyển khi đi qua trạm thu phí do tốc độ lưu thông thấp, gây ùn tắc trước trạm. Đặc biệt, khi trạm thu phí được dùng chung bởi 2 đơn vị do chưa kết hợp được hình thức thu phí chung (VEC thu phí bằng thẻ điện tử, BOT Pháp Vân sử dụng vé giấy) nên có quá nhiều thao tác của nhân viên thu phí khi thực hiện (thu tiền đoạn trước, phát thẻ đoạn sau) cũng gây nên tình trạng ùn tắc nghiêm trọng hơn. Cùng với tình trạng ùn tắc, chất lượng khai thác đường cao tốc Cầu Giẽ-Ninh Bình bị ảnh hưởng rất lớn, tốc độ di chuyển của các phương tiện giảm, sự chờ đợi khi ùn tắc gây thiệt hại cho người tham gia giao thông về thời gian, nhiên liệu tiêu hao nhiều hơn... Ngoài ra, số vụ va chạm giao thông trên đường cũng thường xuyên xảy ra tại các ngày ùn tắc do khoảng cách xe không được đảm bảo. Bên cạnh đó, VEC cũng cho rằng, vị trí đặt trạm thu phí Đại Xuyên không hợp lý. Giải thích rõ hơn, lãnh đạo VEC viện dẫn, theo nghiên cứu của các nước phát triển về tổ chức giao thông trên đường cao tốc và vị trí đặt trạm thu phí khuyến cáo hạn chế tối đa đặt trạm thu phí trên chính tuyến đường cao tốc, đặc biệt Trung Quốc đã ban hành đạo luật cấm đặt trạm thu phí trên chính tuyến đường cao tốc (nếu không phải là các điểm ra vào đường cao tốc) nhằm nâng cao năng lực thông hành của các phương tiện giảm tối đa tình trạng ùn tắc. “Trạm thu phí Đại Xuyên được đặt trên chính tuyến điểm giữa của tuyến cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ - Ninh Bình. Đây là vị trí không hợp lý gây mất mỹ quan, tạo nút thắt trên đường cao tốc, trở thành nguyên nhân chính gây ra các vụ ùn tắc giao thông của tuyến đường cao tốc trong thời gian qua” - lãnh đạo VEC khẳng định. Với việc triển khai thu phí tuyến Pháp Vân - Cầu Giẽ trên tuyến Pháp Vân - Cầu Giẽ - Ninh Bình tồn tại 2 trạm thu phí trên chính tuyến, đặc biệt khoảng cách giữa trạm thu phí BOT Pháp Vân và trạm thu phí Đại Xuyên quá ngắn (30km). Hơn nữa, để duy trì hoạt động tại trạm này, số lượng cán bộ công nhân viên làm việc 72 người, tổng chi phí vận hành trạm Đại Xuyên một năm là 5,3 tỷ đồng, bao gồm: chi phí tiền lương, điện, nhiên liệu... Đây là một khoản chi phí lớn ảnh hưởng đến hiệu quả đầu tư khai thác hoàn vốn dự án đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình. Ngoài ra, tại cuộc họp kiểm điểm tiến độ triển khai thiết kế các trạm thu phí thuộc dự án nâng cấp tuyến Pháp Vân - Cầu Giẽ, Bộ Giao thông Vận tải đã yêu cầu nghiên cứu để thống nhất phương án sử dụng chung trạm thu phí cuối tuyến Cầu Giẽ - Ninh Bình để tiến tới bỏ trạm thu phí Đại Xuyên. Với các lý do trên, VEC đề nghị Bộ Giao thông Vận tải, Tổng cục Đường bộ Việt Nam dỡ bỏ trạm thu phí Đại Xuyên tại km212+315 thuộc dự án đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình. Về giải pháp thu phí giữa 2 tuyến đường cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ và Cầu Giẽ - Ninh Bình, lãnh đạo VEC cho hay, hệ thống thu phí đều do một đơn vị cung cấp lắp đặt là Capro vì thế tổ chức hình thức thu phí liên thông giữa 2 tuyến đường với 1 loại vé điện tử (RFID), không dùng vé giấy thông thường. Cụ thể, khi vé do một bên phát hành ở cổng vào của một đơn vị được quẹt ở cổng ra bên đơn vị khác, hệ thống tự động phân chia doanh thu, tính số lượng cần trao trả thẻ và cập nhật vào cơ sở dữ liệu của cả 2 bên về phát sinh chuyến xe này. Đối với việc thu phí tự động không dừng (ETC), tiền của hai bên sẽ được phân khai trên tài khoản khách hàng thông qua nơi nhận tiền đến nơi hưởng phí, đồng thời bố trí hệ thống đếm xe tốc độ cao, tin cậy, bằng camera nhận dạng biển số ở các làn Đại Xuyên ghi nhận mọi chuyến xe chạy qua làm bằng chứng kiểm tra đối chứng.