Trong kiểm toán chuyên đề công tác quản lý thu, việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết giai đoạn 2017 - 2020 trên địa bàn TP. Hà Nội, Kiểm toán nhà nước đã đối chiếu hồ sơ kê khai, quyết toán thuế của 46 doanh nghiệp được chọn mẫu. Kết quả, các đơn vị cơ bản đã kê khai và quyết toán thuế theo quy định, góp phần thực hiện kế hoạch thu ngân sách của địa phương.

Kiểm toán nhà nước đề nghị thanh tra thuế một số doanh nghiệp

Tuy nhiên, các đơn vị chọn mẫu đối chiếu còn kê khai thiếu doanh thu hoặc xác định sai chí phí tính thuế theo quy định; doanh nghiệp có giao dịch liên kết phân bổ khấu hao tài sản cố định chưa đúng quy định; có doanh nghiệp đưa vào chi phí được trừ đối với khoản lãi vay vượt mức khống chế theo quy định...

Cụ thể: Kiểm toán xác định số phải nộp ngân sách nhà nước tăng thêm 21.957,4 triệu đồng; trong đó thuế giá trị gia tăng 927,7 triệu đồng, thuế thu nhập doanh nghiệp 21,04 tỷ đồng, thuế thu nhập cá nhân 26,4 triệu đồng và thu khác 1,4 triệu đồng; giảm thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau 5,384 tỷ đồng; giảm lỗ chuyển kỳ sau 228,74 tỷ đồng.

Kiểm toán nhà nước còn thực hiện chọn mẫu phân tích hồ sơ Báo cáo tài chính và hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp có rủi ro về giao dịch liên kết. Doanh nghiệp được chọn là Công ty CP Địa ốc Alpha Nam tại Chi cục Thuế quận Thanh Xuân.

Kết quả cho thấy, tại thời điểm ngày 31/12/2020, số dư khoản vay ghi nhận trên Báo cáo tài chính là 1.372,494 tỷ đồng, chiếm 114% vốn góp của chủ sở hữu và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn (0đ), thuộc điều kiện xác định giao dịch liên kết theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

Tuy nhiên, Công ty Alpha Nam không thực hiện kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết nộp cùng Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, đồng thời hồ sơ kê khai chưa thực hiện xác định lãi vay được trừ theo quy định, trong khi năm 2020, Công ty Alpha Nam phát sinh chi phí lãi vay trên Báo cáo tài chính và hồ sơ khai thuế 103,114 tỷ đồng.

Còn tại Chi cục Thuế quận Hai Bà Trưng, qua đối chiếu số liệu báo cáo của người nộp thuế đối với Công ty CP Nông sản Sông Lam cho thấy, năm 2020, công ty ký Hợp đồng tín dụng vay Ngân hàng SHB - chi nhánh Tây Hà Nội, số dư nợ vay đến ngày 31/12/2020 lớn hơn 25% vốn góp của chủ sở hữu (1.166,8 tỷ đồng/30 tỷ đồng) và trên 50% nợ trung, dài hạn của doanh nghiệp (1.166,8 đồng/0 đồng).

Như vậy, Công ty Nông sản Sông Lam vay của Ngân hàng như nêu trên được xác định là các bên có quan hệ liên kết. Việc xác định tổng chi phí lãi vay được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp của Công ty Nông sản Sông Lam theo quy định. Tuy nhiên, Công ty Nông sản Sông Lam chưa đồng thuận với ý kiến của đoàn kiểm toán.

Từ những phát hiện nêu trên, Kiểm toán nhà nước kiến nghị Cục Thuế Hà Nội thực hiện thanh tra thuế đối với các công ty liên quan.