Nhiều ý kiến cho rằng, mức thu phí đối với một số khoáng sản còn chưa tương xứng với mức độ gây ô nhiễm môi trường, chưa có sự phân biệt theo công nghệ khai thác. Hơn nữa, mức thu cũng chưa tính đến đặc thù của từng loại khoáng sản khai thác, chưa có sự phân biệt theo hàm lượng khoáng sản.

Để khắc phục những tồn tại này, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đang cùng Bộ Tài chính lấy ý kiến của doanh nghiệp về việc sửa đổi Nghị định 74/2011/NĐ-CP về phí BVMT đối với hoạt động khai thác khoáng sản. Theo đó, quy định mức thu phí, đơn vị tính thu phí BVMT đối với từng loại khoáng sản, vừa bảo đảm phù hợp với nguyên tắc của Luật BVMT là gây ô nhiễm nhiều thì phải nộp phí nhiều và ngược lại. Đồng thời, bảo đảm phù hợp với nguyên tắc của Pháp lệnh Phí và lệ phí. Mức thu phí phải tính đến khả năng đóng góp của người nộp và những chính sách của nhà nước trong từng thời kỳ.

Để bảo đảm công bằng cho các doanh nghiệp khai thác khoáng sản, khuyến khích khai thác khoáng sản phát triển, Hiệp hội Môi trường Việt Nam đề xuất: Việc xây dựng biểu mức tính phí BVMT đối với khai thác khoáng sản cần tính riêng mức phí cho hàm lượng quặng có ích trong quặng và mức phí cho lượng chất thải bỏ đi. Đồng thời cần xem xét tới mức độ độc hại, mức độ gây ô nhiễm tới môi trường của loại hình khoáng sản khai thác. Ngoài ra, Bộ Tài chính cần quy định mức đóng phí BVMT trong khai thác khoáng sản dựa trên sản lượng đăng ký khai thác theo giấy phép.