Thông tư này hướng dẫn việc lập dự toán, thanh toán và quyết toán các khoản hỗ trợ doanh nghiệp theo Nghị định số 210/2013/NĐ-CP ngày 19-12-2013 của Chính phủ về Chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn.

Theo quy định tại Thông tư, các doanh nghiệp được hỗ trợ gồm nhà đầu tư là doanh nghiệp được thành lập và đăng ký hoạt động theo Luật Doanh nghiệp được nhận ưu đãi, hỗ trợ đầu tư theo quy định tại Nghị định số 210.

Nhà đầu tư được thanh toán tiền hỗ trợ từ ngân sách Nhà nước khi có đầy đủ hồ sơ theo quy định và chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực về nội dung hồ sơ cung cấp.

Các khoản kinh phí hỗ trợ thuộc dự toán ngân sách được giao hàng năm.

Ngân sách nhà nước thực hiện hỗ trợ sau đầu tư, khi hạng mục đầu tư, gói thầu của dự án hoàn thành được tạm ứng, thanh toán 70% mức hỗ trợ theo hạng mục, gói thầu; sau khi dự án hoàn thành đầu tư và được nghiệm thu thì được thanh toán 30% mức vốn còn lại.

Trường hợp dự án chỉ có 1 hạng mục đầu tư được hỗ trợ, ngân sách Nhà nước sẽ thanh toán một lần khi dự án hoàn thành đầu tư.

Đối với khoản hỗ trợ đào tạo nguồn nhân lực, phát triển thị trường được tạm ứng tối đa 70% mức vốn hỗ trợ ngay sau khi doanh nghiệp ký hợp đồng và chuyển tiền cho bên thực hiện hợp đồng; sau khi được nghiệm thu sẽ thanh toán 30% mức vốn còn lại hoặc thu hồi tạm ứng (nếu có).

Trường hợp nhà đầu tư có dự án đầu tư được hưởng nhiều mức ưu đãi, hỗ trợ đầu tư khác nhau quy định tại các văn bản pháp luật khác trong cùng một thời gian thì được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi, hỗ trợ đầu tư có lợi nhất.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 27-4- 2015 và thay thế Thông tư số 84/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn một số chính sách tài chính khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn theo Nghị định số 61/2010/NĐ-CP của Chính phủ về chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn.