Theo đó, sẽ bảo tồn nguyên trạng và tính toàn vẹn của di sản thiên nhiên thế giới Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng trong mối liên kết bảo tồn với vùng sinh thái Hin Nammo của Lào và quần thể sinh thái dãy Trường Sơn. Thiết lập và kiểm soát các hành lang đa dạng sinh học lưu vực sông Son, sông Ranh, sông Nhật Lệ nối liền Vườn quốc gia với các vùng tự nhiên khác trong vùng miền Trung. Kiểm soát các hoạt động sản xuất tiểu thủ công nghiệp, khai thác đá mỏ quặng, kinh tế thương mại, phát triển dân cư... trong vùng đệm, đặc biệt tại các khu vực cửa khẩu Thượng Trạch, cửa khẩu Cha Lo, dọc 2 bên bờ sông Son để không ảnh hưởng đến bảo tồn. Phát triển khu du lịch quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, liên kết hợp tác với các trung tâm du lịch biển, du lịch văn hóa lịch sử trong địa bàn tỉnh Quảng Bình và các tỉnh miền Trung, trên tuyến du lịch quốc gia "Con đường di sản miền Trung". Mục tiêu của Quy hoạch năm 2020 Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng sẽ đón khoảng 65 vạn lượt khách du lịch, trong đó khách quốc tế khoảng 5,5 vạn. Năm 2030 dự báo khoảng 135 vạn lượt khách, trong đó khách quốc tế khoảng 5,5 vạn.