Dự thảo Thông tư quy định: Người nộp phí, lệ phí hàng hải phải nộp và thanh toán xong các khoản phí, lệ phí hàng hải trước khi tàu thuyền được cảng vụ hàng hải cấp phép rời khu vực hàng hải. Trường hợp người nộp phí, lệ phí là doanh nghiệp chủ tàu Việt Nam sở hữu tàu mang cờ quốc tịch Việt Nam có cam kết hoặc ký quỹ bằng hình thức phù hợp, thì được chậm nộp phí trong thời hạn tối đa 5 ngày làm việc kể từ ngày tàu thuyền được cấp phép rời cảng.

Các chủ tàu khác nếu có ký quỹ bằng hình thức phù hợp thì được chậm nộp phí trong thời hạn tối đa là 5 ngày làm việc kể từ ngày tàu thuyền được cấp phép rời cảng.

Phí sử dụng vị trí neo, đậu đối với trường hợp phương tiện neo đậu dài ngày từ 1 tháng trở lên tại khu vực hàng hải, người nộp phí thực hiện nộp phí theo tháng, thời hạn nộp trong ngày làm việc đầu tiên của tháng kế tiếp. Trường hợp phương tiện thủy nội địa theo quy định của pháp luật được làm thủ tục vào, rời cảng biển một lần lúc rời cảng thì được nộp và thanh toán một lần theo chuyến khi làm thủ tục rời cảng.

Người nộp phí có thể nộp phí, lệ phí bằng tiền mặt cho tổ chức thu hoặc nộp bằng hình thức thanh toán không dùng tiền mặt vào tài khoản của tổ chức thu phí, lệ phí mở tại kho bạc nhà nước (hoặc ngân hàng thương mại); hoặc nộp bằng phương thức điện tử qua Cổng thông tin điện tử quốc gia theo quy định.

Dự thảo Thông tư cũng sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 17 như sau: Các cảng vụ hàng hải được để lại 50% (quy định hiện nay là 57%) tiền phí thu được để trang trải chi phí theo quy định và nộp 50% (quy định hiện nay là 43%) tiền phí thu được vào ngân sách trung ương.

Số tiền phí để lại được quản lý và sử dụng theo quy định, trong đó các khoản chi giữ nguyên như hiện hành, chỉ bổ sung khoản chi điều tra tai nạn hàng hải vào khoản chi nhiệm vụ không thường xuyên của các cảng vụ hàng hải.