Định hướng quan trọng của công tác kiểm tra sau thông quan là hướng dẫn doanh nghiệp tuân thủ pháp luật và chính sách tốt hơn; răn đe doanh nghiệp tự giác khai báo đúng, chính xác. Nhờ hoạt động kiểm tra sau thông quan, hiệu ứng tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp được lan tỏa, số tiền thu vào ngân sách nhà nước có thể nhiều hơn số tiền phải truy thu.

Theo ông Dương Phú Đông - Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan (Tổng cục Hải quan), cả nước hiện có khoảng 60.000 doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu. Trong năm 2015, ngành Hải quan đã thực hiện gần 1.300 cuộc kiểm tra tại trụ sở của doanh nghiệp và thực hiện gần 3.000 lượt kiểm tra tại trụ sở của cơ quan hải quan (kiểm tra hồ sơ khai báo...).

Tuy nhiên, tỷ lệ kiểm tra so với chủ trương, yêu cầu đặt ra vẫn còn rất thấp, chưa đạt 10% trên tổng số doanh nghiệp xuất nhập khẩu. Tỷ lệ các cuộc kiểm tra phát hiện vi phạm có truy thu do Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện lên đến 95%, do hải quan địa phương thực hiện khoảng 70%; tổng số tiền đã truy thu năm 2015 là 2.200 tỷ đồng, tăng gần gấp đôi năm 2014.

Sai phạm được phát hiện khi kiểm tra sau thông quan đến từ nhiều nguyên nhân khác nhau. Trước hết, hành lang pháp lý chưa đầy đủ, công tác quản lý nhà nước thuộc nhiều lĩnh vực còn lỏng lẻo (quản lý về hóa đơn, chứng từ, giá cả, thanh toán qua ngân hàng, hệ thống sổ sách kế toán, xuất xứ hàng hóa…) dẫn đến không ít doanh nghiệp khai báo sai, hoặc cố tình khai sai về giá để được giảm thuế. Một số doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu sản xuất hàng xuất khẩu khai báo quá định mức, nhập khẩu hàng hóa hưởng ưu đãi thuế nhưng sử dụng không đúng mục đích mà đưa ra thị trường tiêu thụ...

Ở khía cạnh khác, hoạt động kiểm tra sau thông quan cũng khiến nhiều doanh nghiệp bức xúc. Thậm chí, có thời điểm, công chức Hải quan chưa thực hiện đúng và nghiêm túc quy trình nghiệp vụ hoặc cố tình gây phiền hà, sách nhiễu với doanh nghiệp.