Nhiều quyết định hoàn thuế, miễn, giảm thuế chưa phù hợp

Ghi nhận việc lập dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) năm 2020 cơ bản được thực hiện theo quy định, tuy nhiên, Kiểm toán nhà nước chỉ ra rằng, Cục Thuế TP. Hà Nội đã không lập dự toán hoàn thuế GTGT đối với một số dự án đầu tư trọng điểm phát sinh số tiền hoàn thuế lớn, chẳng hạn như: Dự án của Công ty Cổ phần Nghiên cứu và Sản xuất Vinsmart phát sinh hơn 248 tỷ đồng; Dự án xây dựng Nhà máy nước mặt sông Đuống phát sinh 100 tỷ đồng.

Khi thực hiện kiểm toán tổng hợp và chọn mẫu kiểm tra 36 hồ sơ hoàn thuế thì có tới 23 hồ sơ hoàn thuế xử lý quá hạn, chưa đảm bảo thời gian theo quy định. Đáng chú ý, Cục Thuế đã ban hành 12 quyết định hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế chưa phù hợp quy định tại Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Kiểm toán nhà nước cũng chỉ rõ thiếu sót của Cục Thuế khi hoàn thuế đối với Dự án đầu tư xây dựng trụ sở làm việc kết hợp với văn phòng cho thuê và khách sạn tại Cầu Giấy (Hà Nội) của Công ty Cổ phần Ford Thăng Long với số tiền hơn 12,44 tỷ đồng nhưng Dự án này chưa được cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện về an ninh trật tự. Do tại thời điểm hoàn thuế, doanh nghiệp chưa được cấp Giấy chứng nhận này và tới tháng 12/2020, doanh nghiệp mới được Công an TP. Hà Nội cấp Giấy chứng nhận.

Theo hồ sơ Cục Thuế cung cấp thì dự án có lĩnh vực “kinh doanh dịch vụ lưu trú” nằm trong Danh mục ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. Nhưng tại thời điểm hoàn thuế, dự án vẫn đang trong thời gian đầu tư xây dựng, chưa hoàn thành, chưa đủ điều kiện để các cơ quan có thẩm quyền cấp các giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh theo quy định tại Nghị định số 96/2016/NĐ-CP về các ngành, nghề kinh doanh phải đảm bảo điều kiện về an ninh trật tự. Như vậy, Dự án đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa hoàn thành cơ sở vật chất, điều kiện về phòng cháy, chữa cháy nên chưa được cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện về an ninh trật tự. Khi Dự án hoàn thành đủ điều kiện được cấp giấy phép thì đã đi vào hoạt động, phát sinh doanh thu, sẽ không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định tại Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC.

Thực tế trên cho thấy còn bất cập giữa quy định về cấp Giấy chứng nhận đủ các điều kiện cho ngành nghề kinh doanh có điều kiện và quy định về điều kiện hoàn thuế, gây khó khăn cho việc hoàn thuế của doanh nghiệp và công tác quản lý hoàn thuế của cơ quan thuế. Theo Kiểm toán nhà nước, bất cập này đã được Cục Thuế Hà Nội báo cáo Tổng cục Thuế nhiều lần trong năm 2020, 2021.

Cùng với những bất cập trên, liên quan đến công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế, miễn giảm thuế, Kiểm toán nhà nước chỉ ra rằng, đến tháng 11/2021, còn 90 quyết định hoàn thuế quá 1 năm kể từ ngày hoàn thuế nhưng chưa được cơ quan thuế kiểm tra sau hoàn thuế. Tuy nhiên, nguyên nhân chủ yếu là do ảnh hưởng của dịch Covid-19 và tại thời điểm kiểm toán, Cục Thuế Hà Nội cho biết sẽ rà soát để triển khai kiểm tra sau hoàn thuế, lồng ghép vào các cuộc thanh tra, kiểm tra dự kiến sẽ thực hiện ngay sau đó.

Các đơn vị kê khai hồ sơ chưa đúng quy định

Qua kiểm tra chọn mẫu 10 hồ sơ miễn, giảm tiền thuê đất, Kiểm toán nhà nước phát hiện còn 4 hồ sơ miễn, giảm tiền thuê đất có thời gian hoàn thành xử lý hồ sơ từ khi tiếp nhận của người nộp thuế đến khi ban hành quyết định miễn, giảm còn kéo dài.

Nguyên nhân chủ yếu do người nộp thuế phải giải trình bổ sung thông tin tài liệu. Đồng thời, có 3 hồ sơ miễn, giảm tiền thuê đất 15,36 tỷ đồng cho dự án xã hội hóa ngành giáo dục đào tạo và cơ quan thuế đã căn cứ vào Quyết định giao đất, hợp đồng thuê đất, văn bản xác nhận dự án của Sở Giáo dục và Đào tạo theo quy định của Ủy ban nhân dân TP. Hà Nội. Tuy nhiên, các dự án này lại chưa có trong danh mục quy hoạch mạng lưới trường học đến năm 2020, tầm nhìn đến năm 2030 của TP. Hà Nội phê duyệt năm 2021. Do đó, Kiểm toán nhà nước kết luận, việc xác nhận của Sở Giáo dục và Đào tạo là chưa phù hợp với quy định của UBND TP. Hà Nội.

Kiểm toán nhà nước cũng chỉ ra qua chọn mẫu kiểm tra 29 hồ sơ miễn, giảm tiền thuê đất (trong đó có 9 hồ sơ tại Văn phòng Cục thuế và 20 hồ sơ tại các Chi cục Thuế) theo quy định tại Quyết định số 22/QĐ-TTg thì có tới 11 hồ sơ có số ngày giải quyết kéo dài so với quy định. Nguyên nhân do người nộp thuế giải trình, bổ sung tài liệu; một số điểm đất đã hết thời kỳ ổn định đơn giá thuê đất 5 năm nhưng chưa ký Phụ lục hợp đồng thuê đất theo quy định, mặc dù cơ quan thuế đã thông báo về đơn giá thuê theo đơn giá thời kỳ ổn định mới.

Còn khi thực hiện chọn mẫu 22 hồ sơ để kiểm tra việc kê khai miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp (trong đó có 17 hồ sơ kê khai miễn, giảm theo Nghị định số 114/2020/NĐ-CP và 4 đơn vị miễn, giảm theo Luật), Kiểm toán nhà nước đánh giá, cơ bản người nộp thuế đã kê khai theo mẫu biểu và thời gian quy định; có 1 đơn vị đã được cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra hoạt động ưu đãi, miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp.

Tuy nhiên, còn 3 đơn vị tự kê khai miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo Luật và cơ quan thuế chưa cung cấp đủ tài liệu để làm cơ sở xác định đối tượng miễn, giảm; điều kiện miễn, giảm; thời gian miễn, giảm và số tiền miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp… Có 16 hồ sơ kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp của người nộp thuê tại Chi cục Thuế quận Thanh Xuân và Chi cục Thuế quận Cầu Giấy còn kê khai sai chỉ tiêu thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm 30% theo Nghị định số 114/2020/NĐ-CP nhưng chưa được cơ quan thuế phát hiện kịp thời và người nộp thuế đã tự kê khai điều chỉnh bổ sung sau khi Kiểm toán nhà nước yêu cầu cơ quan thuế rà soát lại.

Bên cạnh đó, kết quả chọn mẫu kiểm tra 12 hồ sơ giảm lệ phí trước bạ cho thấy cơ quan thuế đã thực hiện giảm 50% lệ phí trước bạ ô tô theo quy định tại Nghị định số 70/2020/NĐ-CP về mức thu lệ phí trước bạ đối với ô tô sản xuất, lắp ráp trong nước đến hết ngày 31/12/2020. Tuy nhiên, Kiểm toán nhà nước chỉ rõ, một số xe đã quá thời hạn 6 tháng chưa được Bộ Tài chính ban hành khung giá tính lệ phí trước bạ theo quy định.

Từ những bất cập đã phát hiện, Kiểm toán nhà nước yêu cầu Cục Thuế Hà Nội phải nghiêm túc rút kinh nghiệm, chấn chỉnh, khắc phục kịp thời để tăng hiệu quả quản lý nhà nước về hoàn thuế, miễn, giảm thuế.