Tuy nhiên, BHTGVN vẫn đang áp dụng mức phí đồng hạng là 0,15% trên tổng số dư tiền gửi được bảo hiểm cho tất cả các tổ chức tham gia BHTG. Hình thức đóng phí này có ưu điểm là tiện trong việc quản lý cũng như tính và thu phí. Tuy nhiên, phí BHTG đồng hạng không có tác dụng khuyến khích các tổ chức tham gia BHTG nâng cao chất lượng hoạt động để được hưởng mức phí thấp.

Đến nay, NHNN chưa có hướng dẫn trong việc thực hiện quy định này. Mặc dù, việc thu phí trên cơ sở rủi ro có những ưu điểm là đối xử bình đẳng giữa các TCTD, góp phần hạn chế rủi ro, đặc biệt là rủi ro đạo đức trong các ngân hàng. Đề nghị NHNN nghiên cứu, hướng dẫn để việc thu phí theo đánh giá và phân loại các tổ chức tham gia BHTG sớm được thực hiện.

Tại Điều 24 Luật BHTG quy định: Hạn mức trả tiền bảo hiểm là số tiền tối đa mà tổ chức BHTG trả cho tất cả các khoản tiền gửi được bảo hiểm của một người tại một tổ chức tham gia BHTG khi phát sinh nghĩa vụ trả tiền bảo hiểm. Thủ tướng Chính phủ quy định hạn mức trả tiền bảo hiểm theo đề nghị của NHNN trong từng thời kỳ.

Từ năm 2005 đến nay, BHTGVN áp dụng hạn mức trả tiền bảo hiểm là 50 triệu đồng. Ở thời điểm năm 2005, hạn mức này bảo đảm bảo vệ toàn bộ được khoảng 85% người gửi tiền được bảo hiểm. Theo thông lệ quốc tế, hạn mức và phạm vi bảo hiểm có giới hạn là tiêu chuẩn đáng tin cậy, làm giảm thiểu rủi ro đạo đức, đồng thời không làm xói mòn kỷ luật thị trường.

Hạn mức trả tiền bảo hiểm phải được xây dựng sao cho người gửi tiền ở các ngân hàng được bảo vệ, nhưng cũng đảm bảo một tỷ lệ đáng kể giá trị tiền gửi không được bảo hiểm. Điều này đặt ra yêu cầu người gửi tiền cũng cần cân nhắc tìm đến các ngân hàng tốt để gửi tiền.

Để đảm bảo tốt hơn quyền lợi người gửi tiền, ổn định tâm lý, theo khuyến nghị của Hiệp hội BHTG quốc tế, cần nghiên cứu nâng hạn mức trả tiền bảo hiểm, hạn mức chi trả hợp lý vào khoảng 2 lần thu nhập bình quân người/năm. Đồng thời, cần đánh giá lại 5 năm/lần để đảm bảo phù hợp với mục tiêu chính sách công của nhà nước.