Tuy nhiên, qua khảo sát thực tế tại các doanh nghiệp trong KCN thì lượng nước thải phát sinh không lớn. Hầu hết các doanh nghiệp chế biến lâm sản đã thay đổi công nghệ sản xuất (chuyển từ luộc gỗ sang sấy gỗ), các doanh nghiệp chế biến đá granite hầu như hoàn lưu tái sử dụng nước thải. Do vậy, lưu lượng nước thải đầu vào chủ yếu là của Công ty CP Bia Sài Gòn – miền Trung, bình quân khoảng 700 m³/ngày đêm. Vì lưu lượng nước thải ít, nên UBND tỉnh cho phép xây dựng trước 1 đơn nguyên của bể Aeroten với công suất 2.000 m³/ngày đêm. Hệ thống xử lý nước thải tập trung KCN Phú Tài - Long Mỹ có tổng vốn đầu tư hơn 33 tỷ đồng và đã chính thức đi vào hoạt động từ ngày 6/7/2011. Tính đến nay, tại các KCN Phú Tài và Long Mỹ đã có 75/125 doanh nghiệp ký hợp đồng thu gom và xử lý nước thải, với tổng khối lượng bình quân khoảng 850 m³/ngày đêm. Hệ thống được trang bị công nghệ xử lý hiện đại, kết hợp giữa phương pháp sinh học với phương pháp hóa lý, góp phần giải quyết cơ bản tình trạng ô nhiễm môi trường hiện nay do nước thải của các KCN.