Theo đó, về việc phạt chậm tiến độ hợp đồng giá trị 15.437.824.048 đồng là giá trị phạt chậm tiến độ hợp đồng do sông Ba Hạ (SBH) tính trên cơ sở các biên bản xác nhận, biên bản tạm xác nhận và số liệu SBH tự tính về thời gian chậm, khối lượng chậm tiến độ. Kiểm tra bảng tính giá trị khối lượng chậm của các nhà thầu có giá trị khối lượng chậm tổng cộng là 126.167.004.607 đồng, như vậy giá trị phạt chậm tiến độ max theo hợp đồng chỉ là 126.167.004.607 x 12% (tỷ lệ phạt max theo hợp đồng) = 15.140.040.553 đồng (nhỏ hơn giá trị SBH tính là 297.783.494 đồng). Tuy nhiên, trên cơ sở tính toán, hồ sơ chứng từ, đoàn kiểm tra của tổng công ty đã kiểm tra hồ sơ và tính lại thì giá trị phát chậm tiến độ tính đúng chỉ là 14.446.005.779 đồng.

Về nội dung phản ánh việc chủ đầu tư phải bồi thường cho nhà thầu do chậm thanh toán với giá trị 47.999.692.138 đồng. Căn cứ Điều 42 - Nghị định số 16/2005/NĐ-CP ngày 7/2/2005 của Chính phủ về quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình: Cơ quan cấp phát, cho vay vốn phải chịu trách nhiệm bồi thường thiệt hại việc thanh toán chậm do lỗi của mình gây ra. Như vậy, việc nhà thầu yêu cầu bồi thường thiệt hại do chậm thanh toán của chủ đầu tư giá trị 47.999.692.138 đồng là có cơ sở, có hồ sơ chứng minh giá trị thiệt hại này, tuy nhiên SBH rà soát lại theo yêu cầu GENCO2 thì giá trị đúng là 45.856.897.300 đồng. Đây là giá trị thiệt hại của nhà thầu do việc giải ngân vốn chậm mà nhà thầu đưa ra để xem xét xin giảm trừ thiệt hại. Tuy nhiên, giá trị SBH giảm trừ chậm tiến độ cho nhà thầu chỉ là 10,211 tỷ đồng/45,856 tỷ đồng do nhà thầu đề xuất (việc này có lợi cho chủ đầu tư là: 45,857 - 10,211 = 35,646 tỷ đồng).

Về nội dung phản ánh việc chủ đầu tư bồi thường cho nhà thầu số tiền 2.161.295.367 đồng do chậm phê duyệt TDT hiệu chỉnh. Giá trị giảm trừ là do các bên bàn bạc đánh giá, phân tích, làm rõ nhiều yếu tố khách quan, chủ quan làm ảnh hưởng đến tiến độ, ảnh hưởng giá vật liệu… (theo giải trình của SBH). Tuy nhiên, qua xem xét hồ sơ, đoàn kiểm tra của tổng công ty không thấy có dấu hiệu thông đồng để trục lợi trong việc này vì ban đầu nhà thầu yêu cầu chủ đầu tư giảm trừ số tiền tính đúng là: 14,446 tỷ đồng x 50% = 7,223 tỷ đồng, nhưng chủ đầu tư đã đấu tranh để giảm giá trị giảm trừ này và các bên đã thỏa thuận giá trị giảm trừ còn lại là 2,162 tỷ đồng (việc này có lợi cho chủ đầu tư là: 7,223 - 2,162 = 5,061 tỷ đồng).

Đối với việc bồi thường thiệt hại: Trên cơ sở tính toán lại giá trị thiệt hại của nhà thầu đưa ra là: 1,546 +45,857 + 7,223 = 54,626 tỷ đồng, giá trị thiệt hại của chủ đầu tư là 14,446 tỷ đồng phạt chậm tiến độ, cho thấy giá trị thiệt hại của nhà thầu lớn hơn rất nhiều so với giá trị thiệt hại của chủ đầu tư, tuy nhiên để đảm bảo lợi ích cho chủ đầu tư, SBH vẫn kiên quyết đấu tranh phạt chậm tiến độ nhà thầu được 2.257.486.235 đồng. Như vậy, nếu tính đúng, tính đủ thì chủ đầu tư phải bồi thường cho nhà thầu là 0,739 + 35,646 + 5,061 = 41,446 tỷ đồng, như vậy SBH đã làm lợi cho chủ đầu tư là 41,446 tỷ đồng. Do đó, việc người tố cáo phản ánh chủ đầu tư không yêu cầu nhà thầu bồi thường thiệt hại do chậm tiến độ là không có cơ sở.

Ngoài ra, việc kiểm tra làm rõ hồ sơ tiền làm đêm ca 3: Việc SBH thanh toán cho nhà thầu tiền làm đêm ca 3 là phù hợp, việc nhà thầu tổ chức làm ca 3 là theo yêu cầu của chủ đầu tư được thể hiện tại Văn bản số 952/CV-SBH-P6 ngày 8/8/2008 của SBH. Vì vậy, phản ánh của người tố cáo việc chủ đầu tư thanh toán tiền làm ca 3 cho nhà thầu Lilama 45-4 thi công bị chậm tiến độ theo cam kết của hợp đồng (do lỗi của nhà thầu) là không chính xác.

Việc kiểm tra làm rõ tiền ăn giữa ca: Việc người tố cáo phản ánh chủ đầu tư không dựa trên dự toán do tư vấn lập tự lập dự toán, tự thẩm tra và tự phê duyệt chi phí ăn ca trong giai đoạn thi công dự án là đúng với giai đoan thi công để nhà thầu thanh toán tiền tổ chức ăn giữa ca cho người lao động. Tuy nhiên, qua kiểm tra cho thấy SBH phê duyệt dự toán chi phí ăn giữa ca theo khối lượng trong thiết kế kỹ thuật và thực hiện quyết toán chi phí ăn giữa ca theo bảng chấm công thực tế là phù hợp, giá trị quyết toán nhỏ hơn giá trị dự toán được duyệt.

Việc cố ý làm sai lệch để thanh quyết toán chi phí lán trại phần lắp đặt thiết bị hạng mục cống dẫn dòng. SBH thanh toán chi phí lán trại cho phần lắp đặt đã được ký kết trong hợp đồng với nhà thầu Lilama 45-5 là đúng quy định, việc SBH từ chối không thanh toán chi phí lán trại cho nhà thầu xây lắp là do thỏa thuận hợp đồng giữa các bên và có lợi cho chủ đầu tư. Nội dung tố cáo SBH cố ý làm sai lệch để thanh quyết toán chi phí lán trại phần lắp đặt thiết bị hạng mục cống dẫn dòng là không đúng.