Theo Vụ KH&CN (Bộ Công Thương), Nghị định 54/2016/NĐ-CP của Chính phủ đã khắc phục được nhiều vướng mắc trong quá trình triển khai cơ chế tự chủ. Đó là, trao quyền tự chủ cho tổ chức KH&CN công lập phụ thuộc vào mức độ tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư của tổ chức KH&CN công lập (dựa trên việc xác định và phân loại cụ thể tổ chức KH&CN công lập); cho phép tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư được vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp hoặc chuyển thành doanh nghiệp; nhà nước tiếp tục đầu tư phát triển như đối với đơn vị sự nghiệp công lập, trừ một số tổ chức KH&CN công lập đã tự bảo đảm chi đầu tư.

Đặc biệt, điều chỉnh một số quy định để cơ chế tự chủ đồng bộ với các quy định khác có liên quan như cho phép tổ chức KH&CN công lập được dùng quyền sử dụng đất để góp vốn, liên doanh, liên kết, sản xuất, kinh doanh, thế chấp vay vốn ngân hàng phù hợp với quy định của Luật Đất đai; xác định danh mục vị trí việc làm, cơ cấu ngạch viên chức theo hạng chức danh nghề nghiệp, xác định số lượng người làm việc trong tổ chức KH&CN công lập, tuyển dụng, quản lý, sử dụng viên chức phù hợp với quy định của Luật Viên chức.

Bên cạnh đó, được quyền thành lập, sát nhập, giải thể các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc phù hợp với quy định hiện hành; giải quyết các vướng mắc, khó khăn trong quá trình đăng ký doanh nghiệp KH&CN. Ngoài việc được nhà nước trao quyền tự chủ ở mức cao nhất, tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp.

Về kết quả phê duyệt phương án tự chủ, theo Bộ KH&CN, báo cáo của các bộ, ngành cho thấy, trong số 290 tổ chức KH&CN công lập, có 175 tổ chức đã được phân loại và phê duyệt phương án tự chủ. Còn theo báo cáo của các địa phương, trong tổng số 146 tổ chức KH&CN công lập, có 121 tổ chức đã được phê duyệt phương án tự chủ. Như vậy, trong cả nước có 436 tổ chức KH&CN công lập thuộc đối tượng thực hiện Nghị định 54, có 296 tổ chức đã được phân loại và phê duyệt phương án tự chủ.

Tuy nhiên, vẫn còn một số khó khăn phát sinh trong triển khai cơ chế tự chủ. Cụ thể, tổ chức KH&CN công lập tự bảo đảm chi thường xuyên, hàng năm không sử dụng ngân sách nhà nước để chi tiền lương nhưng lại bị hạn chế việc trích lập Quỹ thu nhập tăng thêm (không quá 3 lần Quỹ tiền lương ngạch, bậc). Vì thế, các tổ chức KH&CN công lập gặp khó khăn trong việc thu hút, giữ chân đội ngũ nhân lực chất lượng cao.

Mặc dù, Nghị định 54 có quy định tổ chức được vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp, tuy nhiên, Bộ Tài chính lại chưa có hướng dẫn chi tiết, vì vậy, nhiều tổ chức đủ điều kiện nhưng chưa thể vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp. Các tổ chức KH&CN công lập cũng gặp khó khăn trong quá trình chuyển đổi thành công ty cổ phần do những vướng mắc trong quá trình xác định tài sản là các kết quả của các nhiệm vụ KH&CN; xác định và giao quản lý tài sản nhà nước… Bên cạnh đó, cơ sở hạ tầng phục vụ hoạt động nghiên cứu còn hạn chế, ảnh hưởng tới việc nâng cao mức thu sự nghiệp trong cơ cấu nguồn thu của các tổ chức.