Ông Vũ Tiến Lộc - Chủ tịch Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) - cho biết, chi phí cho hóa đơn điện tử hiện vẫn cao hơn nhiều so với doanh nghiệp tự in hóa đơn. Đây là lý do quan trọng khiến nhiều doanh nghiệp chưa mặn mà. Thực thế, áp dụng hóa đơn điện tử cần có hạ tầng công nghệ thông tin - viễn thông tốt, nhưng không phải doanh nghiệp nào cũng có thể đáp ứng được. Chưa kể, doanh nghiệp phải chủ động tìm kiếm nhà cung cấp hóa đơn điện tử đủ năng lực, uy tín về nghiệp vụ.

Bên cạnh đó, theo bà Nguyễn Hoài Hương - đại diện Tổng công ty Kinh tế kỹ thuật công nghiệp quốc phòng (GAET), dù Nghị định 119/2018/NĐ-CP về hóa đơn điện tử đã được ban hành từ ngày 12/9/2018, nhưng vẫn chưa có Thông tư hướng dẫn. Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp khi thực hiện. Liên quan đến chữ kỹ số trên hóa đơn điện tử có bắt buộc thể hiện ngày ký hay không? GAET đã có văn bản hỏi Tổng cục Thuế nhưng đến nay vẫn chưa có văn bản hướng dẫn. Đối với hóa đơn giấy, nếu có sai sót chỉ cần lập biên bản điều chỉnh và xuất hóa đơn điều chỉnh. Nhưng với hóa đơn điện tử, nếu điều chỉnh 2 nội dung thì phải xuất 2 hóa đơn, khách hàng sẽ khó chấp nhận việc sai sót trên hóa đơn gốc nhưng lại đi kèm 2 hoặc 3 hóa đơn điều chỉnh.

Tại Diễn đàn Tháo gỡ vướng mắc triển khai hóa đơn điện tử do VCCI phối hợp với Tổng cục Thuế tổ chức mới đây, ông Hoàng Quang Phòng - Phó Chủ tịch VCCI – chia sẻ: Nhiều doanh nghiệp quan ngại về mức độ an toàn, bảo mật của hóa đơn điện tử trên môi trường internet. Cơ quan quản lý cần đồng hành cùng doanh nghiệp thực hiện hóa đơn điện tử theo đúng lộ trình.